Las líneas de investigación del Programa surgieron a partir de la integración temática de las líneas de los CA participantes. Los estudiantes pueden integrarse en alguna de ellas, de acuerdo con su tema:

Problemas del desarrollo

Analiza los efectos de la globalización en los ámbitos locales, prestando atención a los flujos migratorios, su relación con las alternativas de desarrollo y los retos del régimen municipal mexicano para proponer opciones jurídicas de solución.

Cultura y actores sociales

Analiza las dimensiones del patrimonio cultural, formación de actores  y sus implicaciones en los procesos de desarrollo, así como su conexión con el patrimonio natural, que constituyen elementos de identidad y diferenciación en el contexto de la globalización.

Procesos de cambio territorial

Aborda las dinámicas sociales y económicas de los territorios en las diversas escalas, entendidos como espacios complejos en donde se generan y acuerdan los usos de los recursos por parte de actores sociales.